พระสมเด็จกรุเจดีย์เล็กนี้ได้มีการพบโดยบังเอิญระหว่างปีพ ศ 2508ขณะที่พระครูอมรคณาจารย์(เส็ง)เจ้าอาวาสในขณะนั้นได้ให้ช่างบูรณะปรับปรุงบริเวณเจดีย์เล็กที่ชํารุดจากการถูกนําท่วมหลายครั้งท่านได้พบพระสมเด็จในกรุเจดีย์เล็กจํานวนมากมีทั้งหมดประมาณ 6 พิมพ์รวมทั้งพิมพ์สามเหลี่ยมด้วยและพิมพ์นี้พบไม่มากนักจึงทําให้ปัจจุบันหายากโดยเฉพาะอย่างยิ่งสภาพสวยเช่นองค์นี้และนักโบราณคดีมีความมั่นใจว่าพระกรุเจดีย์เล็กนี้สร้างโดยสมเด็จพุฒาจารย์(โต พรหมรังสี)ใประมาณปีพ ศ 2411 เช่นเดียวกับพระสมเด็จที่พบในเจดีย์ใหญ่พระที่พบในกรุเจดีย์เล็กนี้พบว่ามีสีขาวนวลอมเหลือง เนื้อหนึกนุ่มและมีคราบฟองเต้าหู้มากบ้างน้อยบ้างในแต่ละองค์ที่พบ